Ngài sinh ngày 7-4-1506 tại Xavier, thuộc Vương quốc Navarre (nay là Tây Ban Nha). Tên khai sinh của ngài là Francisco de Jasso y Azpilicueta. Ngài là con út của ông Juan de Jaso, cố vấn riêng của Vua John III (Jean d’Albret, cai trị Navarre) và bà Doña Maria de Azpilcueta y Aznárez. Ngài có bà con với thần học gia và triết gia Martín de Azpilcueta danh tiếng.
Ngài là học trò của Thánh Inhaxiô Loyola (lập Dòng Tên, Society of Jesus -= SJ), đồng sáng lập viên của Dòng Tên, là nhà truyền giáo và là một trong bảy tu sĩ đầu tiên của Dòng Tên tại Montmartre năm 1534. Ngài làm trưởng nhóm truyền giáo tại Á châu. Ngài có công truyền bá và duy trì Công giáo ở Ấn Độ, kể cả Nhật, Borneo, quần đảo Maluku, và những vùng chưa có dấu chân các nhà truyền giáo. Tại những vùng này, ngài tiên phong và cố gắng học tiếng bản xứ, ngài thành công nhất ở Ấn Độ. Thật lòng ngài muốn tới Việt Nam, nhưng Chúa có kế hoạch khác, nên Việt Nam không được đón tiếp ngài.
Năm 1525, ngài học ĐH Sainte-Barbe ở Paris (Pháp). Năm 1530, ngài nhận bằng thạc sĩ văn chương và dạy triết học Aristotes tại ĐH Beauvais, tương lai rộng mở, danh vọng hứa hẹn. Ngài gặp Inhaxiô Loyola và Pierre Favre tại ĐH Sainte-Barbe. Thánh Inhaxiô đặt vấn đề với ngài: “Nếu người ta được cả thế giới mà phải thiệt mất mạng sống, thì nào có lợi gì?” (Mt 16:26). Thế là ngài bỏ tất cả để đi tu và làm linh mục, rồi tình nguyện đi truyền giáo.
Thánh Inhaxiô cùng với Thánh Phanxicô Xavie và năm anh em khác thành lập Dòng Tên ngày 15-8-1534 tại một nhà nguyện ở Montmartre, cùng nhau khấn đức nghèo khó, khiết tịnh và vâng lời, đồng thời khấn hoán cải người Hồi giáo ở Trung Đông. Dòng Tên đã được Đức giáo hoàng phê chuẩn, khi đó tu sĩ Phanxicô Xavie tới Venice (Ý) để thụ phong linh mục vào ngày 24-6-1537. Đến cuối tháng 10, bảy anh em tới Bologna và cùng làm việc trong một bệnh viện địa phương. Sau đó, Thánh Phanxicô Xavie phục vụ một thời gian ngắn tại Rôma với tư cách thư ký của Thánh Inhaxiô. Sau đó, Thánh Phanxicô Xavie dành phần nhiều cuộc đời để truyền giáo tại Á châu, chủ yếu qua lại bốn nơi là Malacca, Amboina, Ternate (Nhật) và Trung Hoa.
Ngài rời Lisbon ngày 7-4-1541 lúc ngài 35 tuổi, đi cùng hai tu sĩ Dòng Tên khác. Từ tháng 8-1541 tới tháng 3-1542, ngài tới Goa, lúc đó là thủ phủ của Ấn Độ (thuộc địa của Bồ Đào Nha), ngày 6-5-1542, 35 tháng sau khi rời Lisbon. Mùa Xuân năm 1545, Lm Phanxicô Xavie đi Malaca (cũng là thuộc địa của Bồ Đào Nha). Khoảng tháng 1-1546, ngài rời Malacca đi quần đảo Maluku, nơi ngài truyền giáo 1 năm rưỡi cho dân đảo Ambon. Ngay sau lễ Phục Sinh năm 1546, ngài trở lại Malacca.
Tháng 12-1547, tại Malaca, Lm Phanxicô Xavie gặp một người Nhật tên là Anjirō. Chính Anjirō cũng đã nghe nói về Lm Phanxicô Xavie từ năm 1545. Sau khi bị kết tội sát nhân, Anjirō trốn khỏi Nhật. Ông hết nói với Lm Phanxicô Xavie về quá khứ của mìn, về văn hóa và văn chương Nhật. Anjiro làm thông dịch cho Lm Phanxicô Xavie để giao tiếp với người Nhật. Và rồi Anjirō trở thành Kitô hữu người Nhật đầu tiên và lấy tên là Paulo de Santa Fe.
Sau khi qua đời, thi hài Thánh Phanxicô Xavie được an táng trên đảo Shangchuan. Thàng 1-1553, người ta khai quật mộ ngài và thấy thi hài ngài còn nguyên vẹn. Rồi người ta đưa thi hài ngài tới Nhà thờ Thánh Phaolô tại đảo Malaca vào ngày 22-3-1553. Ngày 11-12-1553, thi hài ngài lại được chuyển tới Goa. Hòm thánh tích của ngài được chuyển tới Nhà thờ Chúa Giêsu Giáng Sinh tại Goa từ ngày 2-12-1637.
Cánh tay phải, đã từng chúc lành và rửa tội cho nhiều người, được Tổng bề trên Claudio Acquaviva tách ra từ năm 1614 để trưng bày cho mọi người kính viếng tại Nhà thờ Il Gesù ở Rôma. Cánh tay trái của ngài được đưa về Macau. Cuối cùng được chuyển tới Nhà thờ Thánh Giuse năm 1978, rồi lại chuyển tới Nnha2 nguyện Thánh Phanxicô Xavie trên đảo Coloane. Mới đây, thánh tích của ngài được chuyển tới Chủng viện Thánh Giuse và Viện bảo tàng Nghệ thuật Thánh (Sacred Art Museum).
Lm Phanxicô Xavie được ĐGH Phaolô V tôn phong chân phước ngày 25-10-1619, và được ĐGH Grêgôriô XV tôn phong hiển thánh ngày 12-3-1622, cùng với Thánh Inhaxiô Loyola. Cuối cùng, ĐGH Piô XI tôn phong Thánh Phanxicô Xavie làm bổn mạng các xứ truyền giáo (Patron of Catholic Missions).
KHA ĐÔNG ANH